相對于其他三個保稅區,坪山新區保稅區的明顯優勢在于: 
1、可做深加工,此保稅區是深圳唯一享有此政策的保稅區。
2、時效性更強,出口貨物不需要換港車經過香港,隨到隨走。 
3、退稅更及時。
1、免征企業流轉環節的增值稅和消費稅;外匯管理寬松;進口設備全額保稅,不實行免稅額度控制,國內采購的貨物視同出口,實行入區退稅政策。
2、實現“境內關外”管理,海關實行“一次報關,一次審單,一次查驗”通關管理模式,通過預約加班的方法,區內企業實現24小時通關的要求。
國內的加工企業,按照海關對加工企業監管規定,加工企業生產出的成品必須限期出口核銷,如果該產生在國內欠缺或有較大的市場,即可轉為內銷。另有一部分貿易公司,因業務需要,向國內加工企業訂購貨物,但因加工貿易手冊管理需要,只能在香港交貨,也存在內銷情況。
  產品出口時,一般國內加工企業的做法都是先將產品出口至香港,然后再從香港進口到國內,雖然此舉達到了出口轉內銷的目的,但產生了較高的成本費用。其實,企業完全可以利用物流園區作為出口轉內銷的快捷通道。國內加工企業將產品運進物流園區即可實現核銷,當國內的銷售商或廠商需進口該產品時可直接從物流園區提貨,這樣,加工企業就可省下一筆可觀的費用開支。
轉廠流程如下:  
1.出口方貨柜車輛到達前一天將詳細出貨報關資料提交我行做預錄入。
發票————裝箱單——-手冊表頭表體——-申報要素——-代理報關委托書,如需商檢,請提供通關單或商檢換證憑條、代理報檢委托書、自理報檢備案號、營業執照復印件等其他資料。
2.同時進口方也提交詳細進口報關資料給我司做預錄入。
合同——-發票——裝箱單————手冊表頭表體——-報關委托書,如需商檢,請提供自理報檢委托書、自理報檢備案號、營業執照復印件等其他資料
3.貨柜車開至海關監管場前,提前聯系我司報關員。按指引進出監管區。
4.我司開始向海關正式申報進出口報關操作。其中,出口報關完成,貨柜車出監管區至保稅區兜圈等報關員通知進來,完成進口報關審批。
    5.進口審批,如遇查車檢驗,一定要配合海關操作,驗核完成,等報關員通知放行后,按指引出區。
即整個轉廠(一日游)流程完成。
一般三小時即可完成出口再進口,貨車啟運進口方倉庫。